L'aviation constitue l'une des principales sources d'émissions de gaz à effet de serre en Europe. Sa prise en compte dans le système communautaire d'échange de quotas d'émissions pourrait permettre de réduire les émissions de CO2 liées à ce secteur de 46 % d'ici 2020.

Si la quantité d'émissions provenant des vols intérieurs diminue, celle du transport aérien international est en hausse, ce qui nuit à l'efficacité de la lutte de l'UE contre le changement climatique. Cette situation s'explique par le fait que les vols intérieurs sont couverts par le protocole de Kyoto , contrairement aux vols internationaux.

Les émissions dues aux vols internationaux dans l'UE ont augmenté de 87 % depuis 1990: en cause, la baisse du prix des billets d'avion associée à l'absence de prise en compte des coûts environnementaux de ce phénomène.

Pour donner un ordre d'idée, une personne effectuant un vol aller-retour Londres-New York produit une quantité d'émissions à peu près équivalente à celle générée par une famille européenne moyenne pour chauffer son logement pendant un an.La proposition de la Commission allouera aux compagnies aériennes des quotas annuels et négociables de CO2. À la fin de chaque année, les compagnies devront restituer un nombre de quotas d'émissions correspondant aux tonnes de CO2 qu'elles auront émises. La quantité totale de quotas mise à la disposition des compagnies aériennes à l'avenir sera plafonnée pour correspondre à la moyenne des émissions (en tonnes de CO2) produites entre 2004 et 2006.